USER GUIDE · 更新于 2026-09-27
从切片浏览到人工复核
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01 / 快速入门
第一次使用工作台
从浏览已有结果开始,熟悉界面后再运行新任务。
- 使用管理员提供的独立账号与密码登录。
- 在左侧切片库选择数据集和切片。首次进入默认选择 XJ_Kaposi / 66231.ndpi,新浏览器默认白天模式。
- 在中间浏览原片,滚轮缩放、拖拽平移;右侧查看原始标签和模型结果。
- 点击“叠加”或“并排”,对照原片与注意力热图。
- 需要人工标注时,点击阅片工具栏的“开启标注”。
02 / 界面导航
主界面各区域在哪里
搜索、筛选、导入、分析参数、执行流程和任务历史
原片 / 叠加 / 卷帘 / 并排、缩放、视野书签
MODEL OUTPUT、分析记录;开启标注后显示在线标注面板
高关注 Top-K、低关注对照、图块定位
右上角可切换白天/黑夜模式、打开本手册或退出。管理员还可看到“账号管理”。阅片窗口底部的分隔条可上下拖动调节高度,双击恢复默认。
上图为功能位置示意,不是平台截图。
03 / 账号与权限
登录与账号管理
平台使用独立账号。旧版共享访问密码已停用。请向平台管理员获取账号,不要使用服务器 SSH 密码登录网页。
| 角色 | 权限 |
|---|---|
| 管理员 | 创建/停用账号、编辑标注、提交和复核;不能自审。 |
| 标注者 | 编辑整片与 ROI 标注、提交复核,并使用分析功能。 |
| 复核者 | 浏览、查看历史、通过或退回;不能修改标注或运行任务。 |
| 只读 | 浏览与导出;不能修改或复核。 |
管理员点击“账号管理”,填写账号、姓名和角色后创建。系统生成密码,仅创建时显示,请妥善交付对应人员。停用账号会使其现有会话失效。登录有效期为 12 小时。同一账号在 5 分钟内登录失败 10 次会暂时限制重试,等待后再登录;其他账号不受影响。
04 / 切片管理
搜索、选择与导入
- 使用左侧搜索框按名称或切片 ID 搜索。
- 结合数据集、源目录病种和分析状态筛选,再点击切片卡片打开。XJ_Kaposi 的 5 个源目录病种可单独筛选,也可按中文病种名搜索。全量切片同步期间,左侧显示已就绪数量;新切片约每分钟自动加入列表。
- 需要上传时,点击“导入切片”,选择支持的 SVS、TIFF/TIF 或 NDPI 文件,界面限制最大 20 GB。
- 切片已在服务器时,展开“从服务器目录导入”,填写允许导入目录下的完整路径。
导入路径是计算服务器上的路径,不是您电脑的本地路径。导入新切片不代表已完成推理;可继续配置并运行分析。
05 / 自动化分析
选择模型并运行全流程
- 选择切片,展开左侧“分析参数 · 新建任务”。
- 已识别数据集的切片自动限定对应的模型数据集,再选择 MIL 模型和 fold 权重。网页上传或未识别数据集的切片需要自行选择适用的模型数据集。单次运行使用所选折,不是自动四折集成。
- 设置目标倍率、图块大小、重叠像素和批处理大小。
- 如需设置 GPU、热图配色、分割阈值及 Top-K,展开“更多参数”。
- 点击“运行全流程”,在“03 / 执行流程”和运行日志中观察进度。
| 参数 | 说明 |
|---|---|
| 目标倍率 | 支持 5×、10×、20×、40×;应与模型和实验方案匹配。 |
| 图块大小 | 224–1024 像素。 |
| 重叠像素 | 必须 ≥ 0 且小于图块大小。相邻图块步长 = 图块大小 − 重叠像素。 |
| 特征复用 | 同一切片、同一预处理参数且编码器一致的已完成任务可复用特征。结果或特征文件缺失时会提示错误;取消勾选“复用同参数已完成任务的 CONCH 特征”后重新运行。 |
执行链路:组织分割 → 切块与 CONCH 特征提取 → MIL 切片级推理 → 注意力可视化(模型支持时)。任务在服务器后台执行,关闭网页后仍会继续;需要停止时使用“取消任务”。
06 / 阅片与热图
放大、缩小、并排和卷帘
| 模式 | 使用方法 |
|---|---|
| 原片 | 浏览原始 WSI 金字塔,滚轮缩放,拖拽平移。 |
| 叠加 | 在原片上查看注意力,调整透明度、配色和保留关注分位。 |
| 并排 | 左右窗口对照,可分别选择原片或注意力叠加,缩放和平移联动。 |
| 卷帘 | 拖动分界滑条,对照同一位置的原片与注意力。 |
| 组织分割 / 切块网格 | 查看对应处理阶段的概览图。 |
工具栏“+ / −”用于缩放,“复位”返回全片,“全屏”扩大阅片空间。热图由图块结果映射到原片,不同任务、参数和模型的显示可能不同。
07 / 结果与 Top-K
如何阅读 MODEL OUTPUT
- 数据原始标签:来自数据集提供的标签及来源信息。源目录病种仅用于切片导航,不等同于经过核对的原始标签;未收录原始标签的切片显示“未提供”,可自行进行整片与 ROI 标注。
- 模型结果:预测类别及各类别概率,不代表人工确认结论。
- 分析记录:有效图块数、特征维度、耗时、编码器、MIL 模型、fold、切块参数及权重版本。
下方“高关注 Top-K”展示高注意力图块,“低关注对照”展示低关注图块。点击图块可定位原片并高亮对应范围。图块注意力值不是局部病变概率。
数据原始标签、模型预测和人工 Slide-level 标注是三个独立信息,不会相互自动覆盖。
08 / 整片标注
Slide-level 标签和备注
- 点击“开启标注”,在右侧找到“Slide-level · 整片标注”。
- 选择已有病种或输入自定义整片标签。
- 填写整张切片的观察备注。
- 点击“保存整片标注”,等待显示“已保存 · v数字”。
该标签针对整张切片,不会自动赋给每个 ROI。“导出整片标注”生成 JSON;未保存内容导出时会标记为未保存状态。
09 / 区域勾画
ROI 绘制、选择与顶点编辑
- 点击“开启标注”,默认工具为自由勾画,默认名称为癌组织。请根据实际区域修改名称和类别。
- 按住鼠标左键沿边界拖动,松开完成闭合轮廓;也可切换多边形或矩形。
- 多边形:单击逐点绘制,双击或 Enter 完成;矩形:按住左键从一角拖到另一角。
- 点击已有 ROI 或标注列表,自动进入“选择 / 编辑顶点”,显示高亮和小圆点。拖动小圆点调整边界。
- 继续绘制新区域时,将工具切回“自由勾画”或其他绘制工具。
选中区域后,右侧显示标注者、创建时间、最后修改者及修改时间。未记录个人署名的历史 ROI 显示“历史共享账号”。
完成绘制和顶点编辑会自动保存。修改名称、类别、颜色、备注后,需要点击“保存属性”。青蓝色选中高亮不会修改 ROI 原本颜色。
10 / 鼠标与右键
标注操作速查
| 操作 | 效果 |
|---|---|
| Ctrl + 左键拖动 | 标注过程中移动视野,不修改 ROI。 |
| 按住空格后拖动 | 临时平移视野。 |
| 滚轮 / + / − | 缩放视野。 |
| 点击已有 ROI | 选中并进入顶点编辑;查看署名。 |
| 右键已标注区域 | 打开“删除此 ROI”菜单,删除后可撤销。 |
| Esc | 取消当前绘制或关闭右键菜单。 |
| Ctrl/Cmd + Z | 在标注画布中撤销。 |
| Ctrl/Cmd + Shift + Z | 在标注画布中重做。 |
快捷键在文本输入框内不会接管正常文字编辑。“结束标注”收起在线标注面板;“隐藏轮廓”控制图像上的 ROI 显示。
11 / 版本与复核
提交、通过和退回修改
- 标注者先保存全部整片与 ROI 修改,处理任何失败或冲突提示。
- 在“版本与复核”填写提交说明,点击“提交复核”。
- 另一位复核者打开同一切片,查看标注与历史,填写意见后选择“通过”或“退回修改”。退回必须填写意见。
- 标注者根据意见修改、保存并重新提交。
复核绑定 ROI 版本 + 整片版本。任一级标注生成新版本后,旧版通过结论不再作为当前版本状态。系统拒绝自审、未提交版本审核及过期版本审核。
展开“复核意见与状态记录”查看复核人、时间、意见和版本;展开“标注版本与修改记录”查看修改者、时间及历史内容。ROI 历史显示新增、修改、删除数量。当前尚无历史版本一键恢复功能。
12 / 视野与导出
书签、截图与标注数据
| 入口 | 保存内容 |
|---|---|
| 保存视野 | 当前观察位置和缩放比例,保存在当前浏览器;不跨电脑同步。 |
| 视野截图 | PNG 展示图,包括可见 ROI;图块尚未完整加载时需等待后重试。 |
| 结果包 | 当前已完成任务的分析结果包;人工标注请通过各自导出入口获取。 |
| 导出 GeoJSON / CSV | 服务器已保存的 ROI 轮廓或属性;有未保存内容时先保存或导出本地草稿。 |
| 导出本地草稿 | 当前浏览器内的 ROI 数据,适用于保存失败或冲突时保留修改。 |
| 导出整片标注 | 整片标签、备注与版本信息,JSON 格式。 |
ROI 坐标采用原始切片 level-0 像素坐标。展示截图用于汇报;需要轮廓坐标时请导出 GeoJSON。
13 / 常见问题
保存失败、冲突与显示问题
选中区域后没有编辑小点?
确认已开启标注,账号为管理员或标注者;点击已有 ROI 会切换至“选择 / 编辑顶点”。旧页面可刷新加载新版本,但先保留未保存草稿。
保存失败或提示版本冲突?
先导出本地草稿。检查登录是否过期、网络是否正常;冲突表示另一页面已保存更新。保留草稿后再加载服务端版本,不要直接丢弃需要保留的修改。
为什么没有热图?
确认选择的是已完成任务,且模型支持注意力输出。部分模型仅输出分类结果。若仍在加载,请等待图块完成。
为什么无法编辑或提交?
检查顶部账号角色。复核者不能编辑,只读账号不能提交;提交前需保存标注,复核必须由另一位人员完成。
多位专家是否有各自独立的标注副本?
目前每张切片共用一套标注,按账号记录修改,并有版本冲突保护。独立账号不代表独立标注副本。
标注保存在哪里?
服务器数据库保存当前标注和历史版本;本地草稿仅用于未保存内容。原始 WSI 文件不会被改写。历史记录与数据库备份是不同概念。